2004 – powstanie ZS Nr 3 wskutek wyłonienia z Centrum Kształcenia Ustawicznego           20 klas szkoły dziennej (Technikum, Liceum Ogólnokształcące i Liceum Profilowane); powołanie na stanowisko dyrektora nowej szkoły Elżbiety Michalik, a wkrótce potem  Adama Mickiewicza na funkcję wicedyrektora
2005 – ostatnia „stara matura” w 5 klasach technikum dawnego typu oraz pierwsza „nowa matura” w 5 klasach liceum ogólnokształcącego i liceum profilowanego; szkołę opuściło ogółem 10 klas maturalnych;  naukę w szkole rozpoczęła rekordowa liczba pierwszoklasistów w 9 klasach, w tym  uruchomiono technikum z zawodzie technik informatyk oraz w LO klasę „lingwistyczno-europejską”
2005-2007 – w ZS Nr 3 realizowano projekt pomocy stypendialnej dla uczniów z terenów wiejskich, z wykorzystaniem funduszy europejskich
2007 – powołanie Jerzego Sasina na stanowisko drugiego wicedyrektora ZS Nr 3
2009 – początek budowy hali sportowej CKU/ZS3, po wielu latach oczekiwań i zabiegów;     zwieńczenie powodzeniem zabiegów w sprawie zakupu od gminy Wyszków na rzecz CKU/ZS3 działki ziemi użytkowanej przez Szkołę Podstawową Nr 2, co stworzyło warunki do rozbudowy szkoły
2010 – uroczystość  otwarcia hali sportowo-widowiskowej CKU/ZS3, wraz z segmentem łączącym i nowymi salami lekcyjnymi; w trakcie uroczystości nastąpiła oficjalna proklamacja nadania szkole imienia Jana Kochanowskiego oraz przekazanie i  poświęcenie, ufundowanego  przez rodziców, sztandaru  ZS3
2011 – wyjazd grupy uczniów na staże-praktyki w Hiszpanii;  początek corocznej wymiany młodzieży ze szkołą partnerską w Niemczech (Warburg w Nadrenii Północnej Westfalii)
2012 – do szkoły weszli absolwenci gimnazjów, realizujący nową podstawę programową
2013 – wprowadzenie dzienników elektronicznych
2014 – szkołę opuściła ostatnia klasa liceum profilowanego  o profilu ekonomiczno-administracyjnym; wyjazd 30 uczniów technikum na staże do Wielkiej Brytanii; obchody jubileuszu 10-lecia ZS Nr 3